潘文石的第二个发现，是砍伐森林威胁秦岭熊猫生存的主要原因，并非熊猫自身生存能力不够强。潘文石提出：“如果秦岭的伐木场和伐木公司，按照国家森林法，控制砍伐强度，维持职工就业的同时维持森林永续利用，不去跨越大熊猫自然庇护所的边界，人类可以和它们共存下去。”

可是这个设想还是被疯狂的砍伐行为打破了。到1993年，秦岭主脊的原始森林已岌岌可危。“秦岭正在发生一场严重的生态危机，会断送熊猫的前途，老百姓的生存希望，也会付诸东流。”1993年10月，潘文石致信国家领导人寻求援助。几天后，朱镕基总理就做了批示。国家下令“立即停止采伐，安排职工转产，建立新的自然保护区”。1995年，在中央政府5500万元人民币和世界银行477万美元的资金支持下，长青自然保护区成立了。

1996年，当最后一批林业工人离开秦岭时，潘文石也结束了大熊猫的研究。当他下山来到海拔1100米的华阳镇时，被眼前的景象惊呆了。这座喧闹的木材中转站，在自然保护区建立一年之后，街道空无一人，商店旅馆全都关门了。潘文石“当时心里特别难过，不知道是做了一件对的事情，还是一件错的事情……”

2010年4月，14年后重返秦岭的潘文石，看到眼前已是重现生机的竹林。人们用红外触发相机拍摄到了亚洲豹、金丝猴和羚牛的照片，在海拔1700米的地方，还捕捉到了两只大熊猫喝水的珍贵影像。

当地人通过发展生态旅游，饲养特种动植物等方式，使经济条件远好于从前。“我有一个朋友叫王文书，特别骄傲告诉我，他的两个孩子都大学毕业啦，读大学的钱都是他自己供养的！”潘文石的忧虑终于消散。

弄官山区——保护白头叶猴

1996年，潘文石和他的团队，离开秦岭，转战广西西南部的弄官山地区，开始研究濒临灭绝的白头叶猴。

白头叶猴是世界上25种最濒危的灵长类动物之一，也是中国特有的一级保护动物。现存的野生白头叶猴只分布于广西的左江、明江和十万大山围成的不足200平方公里的三角地带内。“白头叶猴是一种美丽的猴子，可是我刚去的时候，那里的山上几乎没有树，看不到猴子，百姓的生活也很艰苦。”潘文石说。1996年，弄官山区的白头叶猴数量仅剩96只。

“人类和猴子，都走到了生存危机的边缘。而人类的情况还更糟，猴子可以在山上的石坑里，寻找存留的雨水，但老百姓不可能爬到悬崖上去啊，只能在泥塘中找水，（没有好的水井）他们吃的都是脏水。”潘文石很清楚，最亟待解决的是当地人的生计问题。为使弄官山和周围地区生态系统恢复平衡，1998年，潘文石提出“保护现存、恢复损失、阻止对未来的破坏”的行动指南。

潘文石发现，弄官山区14个自然屯的1.2万居民需要的薪柴全部从山里获取，这是导致弄官山区生物多样性迅速减少和环境质量下降的关键原因。而由于水质原因，居民靠种植的水稻、杂粮等谷物的收入很低不足以维持生计，因此才靠偷猎白头叶猴来提高收入。

“即使要放慢研究速度，也要帮助村民们喝上自来水。”1998年，潘文石团队用崇左县政府的7万元拨款，为白头叶猴分布区内的雷寨建设清洁的饮水系统，解决了500个当地居民的吃水困难问题。

2000年8月，潘文石用福特汽车环保奖的10万元奖金，在当地推广使用沼气代替薪柴作为能源；到2004年，他用奖金、海外捐助以及来自政府的拨款累计214万元在弄官山区的14个自然屯和附近其他村寨修建了沼气池，从此农民再不用上山砍伐。