作为一名杰出的语言文字学家、书法家，马叙伦留给人们的记忆，却多半在学术之外。人们对他的其他身份更为熟悉，例如中国民主促进会创始人、新中国首任教育部长、使用《义勇军进行曲》作为国歌的最初提议者。

年少求学于书塾时，马叙伦便立志推翻封建统治，建立民国，想去日本学习陆军，但因学正（总务主任）阻挠而未能成行。不满17岁时，他只身前往上海，担任几家报社的编辑、主笔，借此宣传革命。20岁结婚时，他写了一副对联，挂在新房门口。上联是“卿桴独立鼓”，下联是“我揭自由旗”。壮志豪情，放言无忌。1911 年，经章太炎介绍，他加入了同盟会。此后他在政界与学界间多番游走，但革命救国之心却从未改变。

他曾先后担任北洋政府和国民政府的教育部长，身居高位。1926年，段祺瑞血腥镇压爱国学生和群众，他辞去教育部职务并大骂段祺瑞，因此遭到通缉。

他先救“南陈”，后救“北李”的故事，乃是民国史上一段广为流传的佳话。

1920年1月的一个傍晚，当时在北大任教的马叙伦得到军阀政府打算当夜逮捕陈独秀的消息。他机智地打电话给住在陈独秀附近的沈士远教授，未提及陈独秀的名字，只称：“告前文科学长速离叔雅所。”陈独秀得此报告，遂连夜躲避。翌日晨，在李大钊伴同下，陈独秀化装乘骡车离开北京，躲过了一次反动政府的迫害。

1924年秋天的一天，北洋政府教育部得到一份密件称“共产党首领李寿常在各校活动，兹请教育部马上查办”。马叙伦时任教育部长，看到密件后，马上意识到“寿常”正是李大钊的字“守常”的谐音，便甘冒风险把此件压下不办，并立即通知李大钊迅速转移脱险。

自此以后，他便成了共产党人的亲密朋友。“四一二”政变以后，他利用自己在政界的影响营救了不少共产党员。西安事变前后，为了阻止对红军的围剿，他受共产党的委托两次入川，劝说四川军阀刘湘采取反对内战、团结抗日的立场，减少了川军对红军和张学良部队的威胁。

1937年后，他数次拒绝日伪政府的爵位和高薪，蛰居上海，专心著述。炮火声中，他蓄起长胡，易名为邹华荪（邹为马叙伦母姓，华荪即中华民族的子孙），坚持从事文献疏证工作。他曾写诗描述自己的心境：“年竹箧纵萧疏，所至还携一担书。报国不堪骑大马，伤心烽火注虫鱼。”

抗战胜利时，他年逾花甲，疾病缠身，但依然抱病在《周报》、《文汇报》等刊物撰写上百篇战斗檄文，抨击蒋介石的独裁统治政策。1945年12月30日，他与王绍鳌、许广平、周建人、赵朴初等文教和工商界的进步人士，在上海发起成立了“中国民主促进会”，并担任主席。

次年6月23日，震惊中外的“下关惨案”在南京发生。当天上午，马叙伦为首的十位代表乘火车自上海出发赴南京，准备向蒋介石请愿。甫至南京下关车站，代表们便被数百名自称“难民”的暴徒团团包围，遭到反复的辱骂和殴打。马叙伦、阎宝航、雷洁琼、陈震中及新闻记者数人被打伤。当天深夜，周恩来前往医院慰问受伤代表。身负重伤的马叙伦拉着前来看望的周恩来的衣服激动地说：“中国的希望只能寄托在你们身上了。”

1949年6月，马叙伦以“民进”代表身份参加新政协筹备会议，当选为常务委员。会后他还担任第六小组组长，主持拟定新中国国旗、国徽和国歌方案。使用《义勇军进行曲》作为中华人民共和国国歌，最初正是他的提议。

新中国成立后，马叙伦担任国家第一任教育部长和第一任高教部长，并继续主持民进的工作。在北洋政府、国民政府和新中国政府中，他均担任过教育部长或副部长，这样的“三朝元老”经历不仅在现当代中国再无第二人，放眼整个中国历史，也实属罕见。

担任教育部长时，马叙伦已年近古稀。因终日忙于工作，他最终积劳成疾。1957年，他患了脑软化症，神经系统功能逐渐衰退，从此失去生活自理能力。1958年6月5日，他在病床上勉力写下毕生的体会：“我们只有跟着共产党走，才是在正道上行， 才有良好的结果，否则根本上就错了。”而这句话，也成了他最后的遗训。此后，他奇迹般地以接近植物人的状态生存了12年，1970 年5月4日，他在多年卧床后因并发肺炎逝世，享年86岁。