北京大学生命科学学院院长饶毅和清华大学生命科学学院院长施一公在今年的早些时候上书总理温家宝，两人强调：“中国各个大学的招生名额以及大学的基础课程也都是由教育部决定的，这些决定权应该交还给大学，大学因成立由教职工组成的委员会来监督招生和课程设置以及选举出校长，当然选举产生的校长要经过教育部的批准同意，同时各个学院应该有自主权任命谁担任教授。”他们认为还大学以自主权是大学改革“挣脱枷锁”的重要前提。

实际上，早在1985年，中央就颁布了一份全面论述教育体制改革的权威性文件。文件明确，发展教育必须从教育体制入手，系统地进行改革；改革管理体制，在加强宏观管理的同时，坚决实行简政放权，扩大学校的办学自主权。但是这份文件基本上没有贯彻实施。

1998年8月颁布的《中华人民共和国高等教育法》中，对高校办学自主权问题以法律形式确立下来，其中八处提到“自主”。“但是大学办学自主权远远没有得到充分的落实，表面上给高校‘让渡’自主权，实际上这些法律文件所规定的权力仍旧牢牢地掌握在教育行政管理部门，也即政府手中。”杨东平说。

北大的饶毅和清华的施一公的另一个引人关注的提议就是要终止从1999年开始实行的授予中国前31所大学校长副部级行政级别的做法。授予这些行政头衔的初衷是为了肯定大学的重要性。“但是有人认为这些行政头衔毒害了学术文化，”清华大学科学政策专家薛澜说，“教授们想的是如何得到行政头衔而不是提高学术水平。”

不过，就在2010年7月底，教育部传来新的政令：“从2011年起高校招生将新增140个专业，全部为国家确定的战略性新兴产业相关本科专业。”此举引起哗然，薛涌在自己的博客里问道：“专业的设定应由谁说了算？”