1990年10月8日，两岸根据“金门协议”第一次顺利进行了海上谴返工作，首批55名私自渡海去台的大陆居民从马祖回到了福州马尾港。此后，双方遣返的对象有犯罪嫌疑人、偷渡客，也有渔船、渔民交接和海事丧事的处理等。自“金门协议”签署以来，据不完全统计，截至2007年1月两岸红十字组织共实施遣返作业286次，双向遣返37790人，其中大陆遣返台湾非法入境人员、犯罪嫌疑人、通缉犯共计266人。

2008年2月28日，大陆方面依两岸金门协议，遣返潜逃藏匿于大陆的台湾刑事嫌犯共25人，其中包括台湾前中兴银行总经理王宣仁，还包括涉及今年1月间桃园谢姓学生绑架案的通缉犯陈金生及违反诈欺罪的嫌犯刘逸森等24人。涉嫌台湾中兴银行违法放贷74多亿元，被判刑定罪的台湾前中兴银行总经理王宣仁，在潜逃大陆半年后落网。有台湾媒体指出，这是两岸合作共同打击犯罪以来，第一位被遣返的经济要犯。