就在中日关系因钓鱼岛主权之争陷入僵局及中国大陆极力维护钓鱼岛这一中华民族利益的关键时刻，也号称拥有钓鱼岛主权的马当局却与日本眉来眼去，打得火热，17年谈判无果的台日渔业协议随即于4月10日在台北完成签署。台湾当局将这一协议的签署视为台日关系的新发展、对外关系的重大成果，但实际上这是一个“因小失大”、“名赢实输”的协议，是对日本入侵占领钓鱼岛主权与管辖权的默认或承诺，是对中华民族利益的又一次伤害，也给未来两岸关系发展投下新的变数。
台湾“得不偿失”
台湾方面对台日渔业协议的签署及达成的目标十分满意。首先，马当局将这一协议的签署视为台日关系的重大突破，视为外交上的一大胜利，认为“台日关系将进入一个新的时期”。依协议规定，北纬27度以南、冲绳县石垣岛、宫古岛以北为 “协议适用海域”，台湾渔船在此区域内作业，不受日本公务船的干扰或驱离；台湾渔船作业范围较过去扩大了1400平方海里（约4530平方公里），区内年捕获量估计超过四万吨。同时，台湾坚持在协议中写入“免责条款”，确认各项规定不损及“我国有关主权及海域主张”的国际法立场与见解，“确保我对钓鱼岛主权”，并以此表明台湾在主权问题上没有任何让步，而且视为台日关系的重大突破。台湾媒体也以“两大加分，台外交突围攻”与“台日新局”等字眼给予高度肯定。可见，在台湾内部“重渔权轻主权”与“重名轻实”的气氛已非常严重。
尽管搁置了钓鱼岛主权争议，但日本从来不认为钓鱼岛主权有争议，而且已“国有化”，而台湾当局却对此没有提出严重交涉，而且不顾大陆在这一问题上的严正立场，不顾大陆与日本的交涉与斗争，在日本没有任何让步与妥协的情况下就与日本签署涉及钓鱼岛的渔业协议，本身就是不负责的，是错误的行动。台湾当局岂不知这一协议的真正得失与历史功过吗？台当局不仅仅是“因小失大”，“名赢实输”，而且注定写下“以主权换渔权”的耻辱。
表面上台湾渔船作业范围扩大了400多平方公里，但却遏制了台湾渔船更大的作业范围，仅只能在此范围内捕鱼，不能超越北纬27度以北的更大海域，否则仍会遭到日本公务船的驱赶。特别是日本强调虽然允许台湾渔船在其所谓的“经济专属区”作业，但不能进入“钓鱼岛12海里以内”作业。特别是协议确认台湾渔船在允许的“协议适用海域”作业不受日本公务船的驱赶，表面上是日本“让利”与“让步”，实际上是台湾承认了日本对这一海域的行政管理权，承认了日本对钓鱼岛的“非法国有化”，可以说这一协议的直接结果就是台湾“以主权换渔权”，确保了日本对中国广大海域的占有。
冲击两岸联合保钓
在这次钓鱼岛争端出现之后，台湾与大陆对日本将钓鱼岛“非法国有化”均表达了抗议与不满，两岸及港澳民间也组织策划了联合登上钓鱼岛的保钓行动，中华大地，两岸民间呼吁两岸联合保钓的声音不断升高，对日本形成新的压力。日本也最担忧出现两岸联合保钓，于是开始策划如何分化两岸联合保钓。
曾占领台湾长达51年的日本非常了解台湾，也知道美国不希望台湾与大陆联合保钓，于是在美国的压力下，马当局不敢公开与大陆联合保钓，又在日本抛出重启台日渔业谈判等多种诱饵，台日关系在钓鱼岛争端升温之后不是紧张与对立，反而更加热络，更加密切。其中，日本放手台湾一直极力争取签署的台日渔业协议，就是拆解两岸联合保钓的关键手段。
在“台弱日强”的格局下，长期以来，台湾渔民在钓鱼岛周边海域捕捞经常受到日本公务船的干扰与驱离，不断发生纠纷，影响台湾渔民民生。于是台湾当局希望与日本开展渔业谈判，以妥善解决这一问题。1996年，台日开始了首次渔业谈判，核心是商谈保护台湾渔民在钓鱼岛周边海域捕鱼的权益问题。然而，在过去长达17年的时间里，台日双方先后举行了16次渔业谈判，但日本态度强硬，坚决不让步，不允许台湾渔船在有争议的海域捕捞与作业，使得这一谈判一直没有取得实质性进展。为何在钓鱼岛争端重新升级及中日为此对抗加剧之时，重启台日渔业谈判，且在短短数月之内迅速达成共识并签署协议？显然是日本拉拢台湾、拆解两岸联合保钓的重要棋局。
不出所料，在日本对台湾略施恩惠，做出有条件的象征性让步，即台湾渔船在“协议适用海域”作业不受日本公务船干扰（其实这一海域本来就是中国台湾渔民的传统作业渔场），台湾就喜出望外，在日本不承认钓鱼岛有主权争议及非法将钓鱼岛“国有化”的情况下就完成台日渔业协议谈判与签署，不仅在事实上造成台湾承认或默认日本对钓鱼岛的非法“国有化”，而且加大海峡两岸在这一问题上的分歧，甚至增加两岸新的矛盾，从而达到分化两岸联合保钓与破坏两岸政治互信的多重目标。日本媒体也回避日本政府的这一手段与目标，公开表示台日渔业协议在两岸间“打上楔子”，让日本避开“两线作战”的困境。
尤其是中国大陆在反对与抵制日本非法将钓鱼岛“国有化”时，台湾当局不是与大陆合作，共同抗日保钓，反而不断表示“不会与大陆合作”，而在积极寻求与日合作，公然重启台日渔业协议谈判，实质上就是配合日本牵制中国大陆，破坏中国大陆的和平抗日保钓行动。台当局的作为是非常令人遗憾的。
