Die Pagdu Gagyu ist die größte unter den vier Teilsekten der Gagyu-Sekte. Ihr Begründer Pagmogrupa (1110–1170), auch er ein bekannter Schüler Dhagpolhajes, wurde in Drilungnarue im Süden von Osttibet geboren. Als Kind lernte er bei den Meistern in der Heimat die buddhistische Lehre. Mit neun Jahren ging er ins Kloster und bekam den Mönchsnamen Dorjekyapo. Als er 19 Jahre alt war, hatte er die Gelegenheit, einen wohlhabenden Mann bei seiner Studienreise durch Tibet zu begleiten. In dieser Zeit studierte er die Lehren der Nyingma-, der Gedang- und der Sakya-Sekte. Später suchte er Dhagpolhaje auf und vertiefte sich in die Lehre der Dhagpo Gagyu. Danach kehrte er in seine Heimat zurück, nahm zahlreiche Schüler auf und predigte vor allem die tantrische Mystik Dhagpolhajes, womit er sich einen Namen machte. 1158 gab er die Dharmaverbreitung in seiner Heimat auf und ging wieder nach Zentraltibet. In Pagmogru baute er ein kleines Kloster, das später als Kloster Dansathil bekannt wurde, was die offizielle Gründung der Pagdu Gagyu kennzeichnete. Pagmogrupa predigte 13 Jahre lang im Dansathil-Kloster, bis er im Alter von 60 Jahren ins Nirwana einging. 1351 baute Changchub Gyaltsan in Zetang, Bezirk Shannan, das Zetang-Kloster. Während man im Dansathil-Kloster hauptsächlich die esoterische Lehre praktizierte, wurde im Zetang-Kloster die exoterische Lehre unterrichtet. Die Pagdu Gagyu stand in enger Verbindung mit der Politik und gründete zusammen mit der Familie Lang eine politische und religiöse Lokalmacht. Osttibet stand 130 Jahre lang unter ihrer Herrschaft, bis sie von ihrem Untergegebenen Rimpungpa aus Westtibet gestürzt wurde.
Pagmogrupa war für seine Tugenden – einen bescheidenen Lebensstil und die strenge Befolgung der Ordensregeln und Gelehrsamkeit – bekannt. Deshalb versammelten sich damals im Dansathil-Kloster oft über 800 Mönche, darunter mehr als zehn bedeutende Persönlichkeiten, die später in verschiedenen Teilen Tibets Klöster bauten und die buddhistische Lehre verbreiteten. Als Resultat entstanden aus der Pagdu Gagyu acht weitere Zweige.
