Die Äbte des Churpu-Klosters, deren Titel innerhalb der nahen Verwandtschaft vererbt wurde, wurden später Lebende Buddhas des Systems der schwarzen Mütze genannt. Im Buch Thukwans Ursprung und Entwicklung der religiösen Sekten steht: „Einer Legende nach trug Dusumchenpa eine schwarze Mütze, man nannte seine Sekte deshalb die Sekte der schwarzen Mütze. In Wirklichkeit wurde die schwarze Mütze erst zur Zeit von Karmapashi vom Kaiser als Beamtenmütze verliehen. Danach wurde das Reinkarnationssystem der Würdenträger aller Generationen als System der schwarzen Mütze bezeichnet.“ Der Legende nach sollen damals über eine Million Dakini mit ihren Haaren eine Mütze gestrickt haben, um sie Dusumchenpa als Opfer darzubringen. Von da an soll er diese einzigartige Mütze immerzu getragen haben. Die historischen Tatsachen stellen sich jedoch anders dar: Karmapashi (1204–1283), der Abt des Churpu-Klosters zweiter Generation, bekam vom mongolischen Khan eine schwarze Mönchsmütze geschenkt, deren Krempe mit Gold eingefasst war. Heute ist der Tempelabt der Lebende Buddha der Schwarzen Mütze in der 17. Generation. Drapasengge (1283–1349) war der Lebende Buddha der roten Mütze der ersten Generation. Ihm verlieh der Kaiserhof der Yuan-Dynastie eine rote Mönchsmütze, die ebenfalls mit einer goldenen Krempe verziert war. Die Reinkarnation des Lebenden Buddha der roten Mütze setzte sich bis in die zehnte Generation fort. Da jedoch die Zentralregierung der Qing-Dynastie den zehnten Lebenden Buddha der roten Mütze verdächtigte, beim Eindringen der Gurkha in Westtibet mitgewirkt zu haben, verbot sie ihm die Reinkarnation. Damit wurde das Reinkarnationssystem des Lebenden Buddha der roten Mütze beendet.

Die beiden Reinkarnationssysteme ziehen sich wie ein roter Faden durch die Geschichte der Garma Gagyu. An der Entstehung, der Entwicklung und dem Untergang der beiden Systeme können wir die ganze Geschichte und den heutigen Zustand der Garma Gagyu ablesen.

Die Tsalpa Gagyu wurde von Tsalpa Zunzhuzha (1123–1194) gegründet. Er war ein Jünger Dhagpolhajes der zweiten Generation und wurde im Dorf Talpagru in der Nähe von Lhasa geboren. Sein Vater war ein Laienbruder des esoterischen Buddhismus, und so wurde er zu Hause von klein auf durch den tibetischen Buddhismus beeinflusst. Mit sieben Jahren lernte er Tibetisch, mit neun Jahren die tantrische Mystik. Später unternahm er Studienreisen durch Osttibet. Als er 26 Jahre alt war, empfing er die Mönchsweihe und bekam den Mönchsnamen Tsungrudra. 1153 nahm er Tsukrimnyingpo, den Neffen Dhagpolhajes, zum Lehrmeister und studierte bei ihm konzentriert die exoterische und die esoterische Lehre der Dhagpo Gagyu. Mit der Unterstützung des Feudalherrn Gor Kyawejungna von Tsalgungthang bei Lhasa baute Tsalpa Tsungrudra im Jahre 1175 in Talsheska das Tsalpa-Kloster, nach dem die Sekte benannt wurde. 1187 wurde das Tsalgungthang-Kloster in der Nähe des Tsalpa-Klosters errichtet. Die beiden Klöster wurden zu Stützpunkten für die Entwicklung der Tsalpa Gagyu und die Erweiterung ihres Einflussbereichs. 1268 wurde Sangjeodru, der damalige Abt des Tsalpa-Klosters, von der Yuan-Dynastie zum Gouverneur von Tsalpa ernannt, so dass die Tsalpa Gagyu zu einer wichtigen geistlichen Kraft in Osttibet wurde. Manche Tibetologen, darunter Wu Jun in Analyse mancher Fragen über die Religionen in Tibet, vertreten die folgende Meinung: „Bei dieser Sekte hat die einheitliche Organisation von Politik und Religion eine Veränderung erfahren: Die Politik ist zuerst von der Religion unterstützt, dann durch sie ersetzt worden. Am Schluss, als die Familie Gor sowohl die politische als auch die religiöse Macht innehatte, wurden die religiösen Angelegenheiten im Rahmen der Politik gelöst, was zeigt, dass die religiöse Macht der politischen Macht unterstand. Das war eine besondere Ausformung unter den tibetischen theokratischen Organisationen.“ Die politischen und religiösen Kräfte in Tsalpa suchten ein Bündnis mit den lokalen Führern der Sakya-Sekte, um der Pagdu Gagyu als ebenbürtiger Gegner gegenübertreten zu können. Dies gelang ihnen aber nicht, sondern führte zu ihrem Untergang. Später erlebte die Gelug-Sekte einen Aufschwung, übernahm das Tsalpa- und das Tsalgungthang-Kloster und baute die beiden zu eigenen Klöstern um. Damit hörte die Tsalpa Gagyu auf zu existieren.

Die Barom Gagyu wurde von Darma Bangphyug, der in der Mitte des 12. Jahrhunderts lebte und einer der besten Schüler von Dhagpolhaje war, gegründet. Er baute in Ngamrimg bei Xigaze das Barom-Kloster und machte ihn zum Zentrum für die Verbreitung seiner Lehre und als Unterkunft für seine Schüler und Anhänger. Er predigte sowohl in der exoterischen als auch in der esoterischen Lehre hauptsächlich das Große Symbol. So entstand eine eigene Schule, die man Barom Gagyu nannte. Nach dem Tod Darma Bangphyugs wurde der Abttitel des Barom-Klosters von den Mitgliedern seines Clans und deren Nachkommen geerbt, doch aufgrund von Familienstreitigkeiten ging die Barom Gagyu unter.