Heute gibt es in den tibetischen Regionen insgesamt 141 Klöster der Sakya-Sekte, darunter 94 im Autonomen Gebiet Tibet. Das belegt, dass sich das Haupteinflussgebiet der Sakya-Sekte und der Großteil ihrer Gläubigen vor allem in Tibet befinden. Das Sakya-Kloster, das sich im Kreis Sakya bei Xigaze befindet, ist ihr Stamm- oder Zentralkloster.
Früher bestand das Sakya-Kloster aus einem südlichen und einem nördlichen Kloster. Heute existiert nur das Südliche Kloster, das 1288 von Penchen Sakyasangpo gebaut wurde. Die Haupthalle ist von einer zwei Meter dicken und fünf Meter hohen Mauer umgeben, an deren vier Ecken jeweils ein Turm steht. Die Klosteranlage nimmt eine Fläche von 14 700 Quadratmetern ein. Hier sind zahlreiche religiöse Kulturgegenstände und antike Bücher aufbewahrt, weshalb das Kloster als „zweites Dunhuang“ bezeichnet wird (in Dunhuang befinden sich die berühmten buddhistischen Grotten). Im Kloster leben heute 90 Mönche, darunter elf alte. Fünf Mönche haben den Titel Rajampa erhalten. Für das Kloster ist ein siebenköpfiges Verwaltungs-komitee mit den sechs Abteilungen Studienangelegenheiten, Kulturgegenstände, Finanzwesen, Renovierung, Hygiene und Empfang von Besuchern zuständig.
Im Sakya-Kloster werden vor allem die exoterische und die esoterische Lehre unterrichtet. Zum Studium der exoterischen Lehre sind im Kloster zwei Klassen, eine Grundstufe und eine Oberstufe, eingerichtet. Zur Zeit besuchen 47 Mönche die Grundstufe. In sechs Jahren lernen sie zuerst die Grammatik der tibetischen Sprache, Poetik, Stilistik, Astronomie, Rechtschreibung und Einführung in die Bodhisattvacarya und studieren dann die buddhistischen Theorien und Erkenntnisse. In dieser Zeit sollen sie sechs Sutras auswendig lernen.
Die Oberstufe dauert ebenfalls sechs Jahre. Dort studieren zur Zeit 15 Mönche hauptsächlich die 18 klassischen Schriften der Sakya-Sekte. Außer einem Werk von Sakya Pandita stammen die 17 anderen Schriften von Mönchen aus Indien. Die Gelehrten der Sakya-Sekte sind darauf stolz, dass bei ihnen die orthodoxe Lehre des Buddhismus unterrichtet wird. Wenn die Mönche ihr Studium der 18 klassischen Schriften abgeschlossen haben, erwerben sie nach einer Prüfung den Titel Rajampa.
Nach dem Abschluss des Studiums der exoterischen Lehre kann man sich mit der esoterischen Lehre beschäftigen. Zuerst soll man die esoterische Theorie studieren, nämlich die vier esoterischen Schriften aus dem Sutrapitaka: Allgemeines über die Tantras, Revidierende Bemerkungen in den Tantras, Anmerkungen zu den Hevajra-Tantras und Lamdresutra. Erst danach kann man die esoterische Lehre praktizieren. Man wird zum Beispiel durch die Abhiseka-Zeremonie der Tantras geweiht und in den esoterischen Regeln und Zeremonien unterwiesen. In dieser Zeit praktiziert man hauptsächlich profunde esoterische Theorien wie die Reihenfolge der Entstehung und Vollendung von Hevajra.
Alljährlich veranstaltet das Sakya-Kloster folgende wichtige Zeremonien: Vom 8. bis zum 14. des 9. Monats nach dem tibetischen Kalender findet das Hevajra-Gebetsfest statt, bei dem Hevajra-Tantras vorgetragen und dem Hevajra Opfer dargebracht werden. Die Opferzeremonie wird vom 23. Tag des elften bis zum 1. Tag des zwölften Monats nach dem tibetischen Kalender veranstaltet, wobei den Geistern und Gespenstern Opfergaben aus farbigen Fäden oder Tsampa dargebracht werden, während Mönche Sutras vortragen und religiöse Tänze vollführen. Die Vajrapflock-Zeremonie, bei der hauptsächlich religiöse Tänze dargeboten werden, findet vom 8. bis zum 18. Tag des siebten Monats nach dem tibetischen Kalender statt.
Das Sakya-Kloster ist im In- und Ausland als Stammkloster der Sakya-Sekte für seine reiche Religionskultur bekannt. Ein weiteres bekanntes Kloster ist das Gonkachetui-Kloster im Kreis Gonka des Bezirks Shannan. Es wurde 1464 von Tudain Konkanamgyu gegründet. In diesem Kloster, einem wichtigen Ritualort, wird vor allem die esoterische Lehre Konkanamgyus unterrichtet. Das Kloster wurde in der Kulturrevolution zerstört. Es wurde mit 800 000 Yuan, die die Zentralregierung 1985 zur Verfügung stellte, renoviert. Zur Zeit wohnen 40 Mönche ständig im Kloster. Außer vier alten Mönchen sind alle junge Leute. In diesem Kloster wird das Hevajra-Gebetsfest vom 9. bis zum 19. des ersten Monats nach dem tibetischen Kalender gefeiert und die Zeremonie zum Gedenken an den Eingang Sakya Paditas ins Nirwana am 14. des vierten Monats nach dem tibetischen Kalender veranstaltet.
In den Provinzen Qinghai und Sichuan gibt es auch viele Klöster der Sakya-Sekte. Der Jiegu-Tempel im Autonomen Tibetischen Bezirk Yushu war ein Zentrum der Verbreitung und Entwicklung der Sakya-Sekte. Im Kreis Yushu gibt es überdies die Klöster Rinchenrang, Dongcon und Carou, im Kreis Chendou die Klöster Tudain und Saida und im Kreis Namchan das Kloster Zongda.
