到1940年底，党领导的军队由抗战开始时的5万余人发展到50万人，还有大量地方武装和民兵。抗日根据地发展到跨华北、华中、华南的广大地区，加上陕甘宁边区共17块近1亿人口。党领导的敌后抗战，大量牵制、消灭日军，在全民族抗战中发挥着日益重要的作用，逐步成为中国抗战的重心。
在沦陷区城市和交通要道，党的地下组织实行隐蔽精干、长期埋伏、积蓄力量、以待时机的方针，彻底转变工作方式，深入群众，以隐蔽的方式开展抗日宣传教育和统一战线工作，领导人民进行多种形式的抗日斗争，牵制敌人的兵力，打击日伪统治，支持和配合了敌后游击战争和抗日根据地的建立与巩固。
党在国民党统治区的工作也取得新的进展。1939年1月，中共中央南方局在重庆成立。在周恩来、董必武等人领导下，南方局在统一战线、党的建设、宣传文化、群众工作等方面进行了艰苦而卓有成效的工作。南方局特别重视争取和团结中间势力，同民主党派、无党派人士、国民党民主派、地方实力派、著名知识分子等广泛接触，共商国是，使他们了解共产党的主张，并逐步取得他们的信任，巩固扩大了抗日民族统一战线，推动了国民党统治区抗日民主运动的发展。在周恩来和南方局的支持下，1941年3月，中国民主政团同盟(1944年9月改组为中国民主同盟，简称民盟)在重庆成立，成为中国民主运动的一支生力军。南方局在开展国际统一战线工作方面同样取得很大成绩，争取了国际社会对中国团结抗战的同情和支持，扩大了党的影响。
党在西北国民党统治区的地方组织，领导和推动抗日救亡的群众运动，开展广泛的统一战线工作，利用西北特殊的地理条件沟通党和国际友人、海外侨胞的关系及与共产国际的联系，支持和配合了陕甘宁边区建设和全国抗战。
党坚持团结反对分裂、坚持进步反对倒退，同国民党顽固派的反共活动进行了坚决斗争。1939年冬至1940年春，国民党顽固派掀起第一次反共高潮，党给予坚决回击。1941年初，国民党顽固派制造震惊中外的皖南事变。新四军军部及所属部队9000余人，在向北转移途中遭到国民党军8万余人围攻，除约2000余人突围外，一部被打散，大部壮烈牺牲或被捕，军长叶挺在同国民党军进行战场谈判时被扣押，副军长项英遇害。事变发生后，蒋介石竟诬称新四军“叛变”，宣布取消其番号。
面对国民党顽固派掀起的又一次反共高潮，共产党采取军事上严守自卫、政治上坚决反击的方针。中共中央军委宣布重建新四军军部，任命陈毅为代军长，刘少奇为政治委员。毛泽东揭露国民党顽固派破坏抗战的阴谋，提出惩办祸首、释放叶挺、废除国民党一党专政、实行民主政治等十二条解决办法。周恩来在重庆向国民党当局提出严重抗议，并亲笔题词“为江南死国难者志哀”和“千古奇冤，江南一叶；同室操戈，相煎何急?!”这两条充满悲愤的题词在《新华日报》登出，有力地揭露和声讨了国民党顽固派的反动行径。
全国人民及国际舆论普遍同情共产党，谴责国民党当局消灭异己、破坏抗战。国民党顽固派陷于极端孤立的境地，其反共活动不得不有所收敛。党以大局为重的正确措置，使极度危急的国内时局得以扭转，党在全国的政治地位空前提高。
党深刻地总结同国民党顽固派斗争的经验，丰富和发展了统一战线的策略。这主要是:在抗日民族统一战线中要采取“发展进步势力，争取中间势力，孤立顽固势力”的总方针，在反对国民党顽固派的斗争中要坚持“人不犯我，我不犯人，人若犯我，我必犯人”的自卫立场和“有理、有利、有节”的原则。这些策略原则使党得以在复杂多变的环境里更加熟练而恰当地处理统一战线中的各种棘手问题，避免犯“左”、右倾错误。
在此期间，针对国民党大肆鼓吹“共产主义不适合中国国情”等反共谬论，党在政治思想战线上同国民党展开论战，批判和揭露各种假三民主义，着重阐述三民主义与共产主义的关系，说明共产主义的最低纲领和新三民主义基本相同，但两者又有区别，共产党将同一切真诚的三民主义者长期合作。这场论战对新民主主义理论体系的形成起了推动作用。
为了驳斥国民党顽固派的反共宣传，向全党和全国人民阐明共产党对于中国革命及其前途的全部见解，回答中国向何处去这个关系重大的问题，更好地指导抗战和中国革命，毛泽东进行了大量的理论研究工作。他系统总结中国革命的独创性经验，于1939年底1940年初先后发表《<共产党人>发刊词》、《中国革命和中国共产党》、《新民主主义论》等著作，完整地阐述了新民主主义理论。
毛泽东指出，半殖民地半封建社会的性质，决定了中国革命必须分成两步走，第一步进行民主主义革命，第二步进行社会主义革命。中国民主革命在五四运动以后已经不是资产阶级领导的民主革命，而是新民主主义的革命。新民主主义革命是无产阶级领导的人民大众的反帝反封建的革命。区别新旧民主主义革命性质的根本标志是无产阶级领导权问题。
新民主主义革命的基本纲领是:政治上，推翻帝国主义和封建主义的压迫，在中国建立一个以无产阶级为领导的、以工农联盟为基础的各革命阶级联合专政的民主共和国。经济上，没收操纵国计民生的大银行、大工业、大商业，建立国营经济；没收地主土地归农民所有，并引导农民发展合作经济；允许民族资本主义经济的发展和富农经济的存在。文化上，废除封建买办文化，发展民族的科学的大众的文化。
新民主主义的发展前途，必然是社会主义。新民主主义革命和社会主义革命是两个不同的革命阶段，不能毕其功于一役，但两个革命阶段必须也必然是相互连接的，不容横插一个资产阶级专政。实现党在民主革命阶段的最低纲领，也是为着将来实现最高纲领。新民主主义革命是以共产主义思想为指导的。
统一战线，武装斗争，党的建设，这是中国共产党在中国革命中战胜敌人的三个主要法宝。“统一战线和武装斗争，是战胜敌人的两个基本武器。统一战线，是实行武装斗争的统一战线。而党的组织，则是掌握统一战线和武装斗争这两个武器以实行对敌冲锋陷阵的英勇战士。”
以毛泽东为主要代表的中国共产党人创立的新民主主义理论，是马克思列宁主义同中国革命实际相结合的产物，是中国革命特别是建党以来历史经验的全面总结，是毛泽东思想在抗战时期最重大的理论成果。它的提出，使全党和全国人民对中国新民主主义革命的性质、内容、领导权和发展前途等有了明确而完整的认识，对中国革命的胜利发展具有重大的指导作用。
四、加强根据地建设，开展整风运动
1941年至1942年，是世界法西斯势力极为猖狂，中国敌后抗战最为困难的时期。
第二次世界大战爆发后，德国法西斯侵占了欧洲许多国家，1941年6月又挥兵东向，对苏联发动大规模进攻。12月，日本偷袭美国海军基地珍珠港，同时进攻英、美等国在太平洋的属地，挑起太平洋战争。国际法西斯成为世界人民的公敌。中共中央主张建立反法西斯的国际统一战线，加强同英、美等国的合作，反对共同敌人。1942年1月，中、美、英、苏等26个国家签署《联合国家宣言》，正式形成国际反法西斯统一战线。中国战场成为世界反法西斯战争的东方主战场，承担着抗击日本陆军主力的任务。
日本法西斯企图把中国变成它进行太平洋战争的后方基地，决意加紧对华作战。日军在华北反复进行“治安强化运动”，对占领区人民实行残暴的殖民统治、经济掠夺和奴化教育，对各抗日根据地进行空前残酷的“扫荡”、“清乡”和“蚕食”，采取野蛮的烧光、杀光、抢光政策，使用毒气和细菌武器，制造无人区，企图摧毁抗日军民的生存条件，彻底消灭共产党及其领导的抗日武装。
在日军疯狂而频繁的进攻下，敌后军民伤亡很大，根据地的可耕土地被大量毁坏，大批粮食和牲畜被抢走，加之国民党顽固派的包围封锁和自然灾害，抗日根据地面积缩小，总人口由1亿锐减到5000万以下，人民军队由50万人下降到40万人。敌后抗战进入最困难的时期。