Im Juni 1950 brach der Korea-Krieg aus. Die chinesische Volksbefreiungsarmee traf in Tibet ein und befreite bald darauf Qamdo. Der Dalai Lama zog die Lage in Betracht und sandte eine Delegation, geführt von Ngapoi Ngawang Jigme, zu Friedensverhandlungen nach Beijing. Am 23. Mai 1951 wurde die „17-Punkte-Vereinbarung“ zur friedlichen Befreiung Tibets unterzeichnet.
Aber die Versuche der CIA, den Frieden und die Stabilität der Region zu zerstören, hörten nicht auf. Die CIA kontaktierte die zwei älteren Brüder des Dalai Lama, Gyalo Thondup und Thupten Jigme Norbu, mehrmals und zettelte bewaffnete Aktionen gegen China an. Sie trainierte militante Gruppen zuerst in Taiwan, dann auf der Saipan-Insel und schließlich in Colorado. Allein im Camp Hale in Colorado wurden mehr als 300 tibetische Spione trainiert. Im August 1957 setzte die Luftwaffe der USA zwei tibetische Untergrundkämpfer im Kreis Sangri in Südtibet ab. Anfang des nächsten Jahres nahmen sie in Lhasa Kontakt mit dem Rebellenführer Anzhugcang Goinbo Zhaxi auf und berichteten der CIA darüber. Am 20. April trafen sich mehr als 5000 tibetische Rebellen und die Vertreter der drei großen Klöster Drepung, Sera und Ganden heimlich und unterzeichneten eine Vereinbarung, einen Stützpunkt in Shannan zu errichten. Am 24. Juni wurde eine Rebellenorganisation namens „Religionsschützer der vier Flüsse und sechs Berge“ mit Anzhugcang Goinbo Zhaxi als Kommandeur gegründet. Im September bekam die Organisation die ersten von der US-amerikanische Luftwaffe abgeworfenen zahlreichen Waffen, Munition und Nahrungsmittel.
Am Morgen des 10. März 1959 kursierte in Lhasa ein Gerücht, dass die Volksbefreiungsarmee den Dalai Lama und seine Beamten festnehmen wolle. Tausende von Tibetern strömten zum Norbu Linka-Palast, der Residenz des Dalai Lama, um ihn vom zugesagten Besuch der Gesang- und Tanz-Aufführung im Hauptquartier des Militärbezirks Tibet abzuhalten. Die Rebellen organisierten Demonstrationen und riefen Parolen wie „Unabhängigkeit für Tibet“ und „die Han-Chinesen vertreiben“. Mehr als 2000 Rebellen eroberten das Jokhang-Kloster. Am Nachmittag wurde eine Konferenz zur „Unabhängigkeit Tibets“ im Potala-Palast abgehalten.
Am frühen Morgen des 17. März floh der verkleidete Dalai Lama unter Anleitung von CIA-Agent Tony Poe aus dem Norbu Linka nach Shannan. Auf dem Fluchtweg bekam er von der CIA aus Flugzeugen abgeworfene Nahrungsmittel und blieb über Rundfunk mit der CIA in Kontakt. Die ganze Flucht wurde von der CIA aufgezeichnet.
Nachdem der Dalai Lama Lhasa verlassen hatte, griffen mehr als 7000 bewaffnete Rebellen die Garnison der Volksbefreiungsarmee und die Behörden der KP an. Nach zweitägigem Kampf brachte die Volksbefreiungsarmee Lhasa unter Kontrolle, der Aufruhr endete mit einer Niederlage der reaktionären tibetischen Oberschicht. Nach dem Aufruhr in Lhasa sammelte die CIA 2100 Rebellen in Mustang in Nepal und gründete dort einen Stützpunkt. Die Rebellen wurden von der CIA trainiert, mit Waffen und Nahrungsmitteln versorgt und nach Lhasa zurück geschickt, um Sabotage zu betreiben und Informationen zu sammeln.
Vom Mai bis Juni 1959 gründete der geflohene Dalai Lama in Indien eine „Tibetische Exilregierung“. Er berief den „Tibetischen Volkskongress“ ein und erließ eine so genannte „Verfassung“, in der festgeschrieben wurde, dass „alle Minister vom Dalai Lama selbst ernannt werden“ und „alle Regierungsarbeiten erst mit Genehmigung des Dalai Lama durchgeführt werden können“. Der Dalai Lama benahm sich immer noch wie ein theokratischer Führer. Aber kein Staat in der Welt erkannte die „Tibetische Exilregierung“ an. Trotzdem stifteten die USA einige Länder an, im Jahr 1959, 1960, 1961 und 1965 auf der UNO-Vollversammlung die „Tibet-Frage“ zu problematisieren, die dann auf die Tagesordnung gesetzt wurde. Dem anti-chinesischen Antrag über die „Tibet-Frage“ wurde im Jahr 1961 und 1965 zugestimmt.
Den entschlüsselten Dokumenten der USA zufolge stellte die CIA in den meisten Jahren der 1960er jährlich 1,7 Millionen US-Dollar bereit, 500 000 US-Dollar davon wurden für die Finanzierung von 2100 Untergrundkämpfern in Nepal aufgewendet, 180 000 US-Dollar standen dem Dalai Lama als persönliche Zuschüsse zur Verfügung. Im Jahr 1968 wurde der Trainingsstützpunkt in Colorado geschlossen und die Unterstützungskosten wurden auf 1,2 Millionen US-Dollar reduziert. Die finanzielle Unterstützung wurde eingestellt, nachdem China und die USA im Jahr 1979 diplomatische Beziehungen aufgenommen hatten.
Beim Ringen um die Welthegemonie mit der ehemaligen Sowjetunion während des Kalten Kriegs bauten die USA ihre Unterstützung der Dalai-Clique ab, um China für sich zu gewinnen. Die Dalai-Clique lamentierte, sie seien die „Waisen des Kalten Kriegs“. Aber die USA und die anti-chinesischen Kräfte in den westlichen Ländern nutzen die „Tibet-Frage“ und die „Taiwan-Frage“ nach wie vor als strategische Mittel zur Eindämmung Chinas und haben daher nie aufgehört, die Dalai-Clique zu unterstützen.